Tiga tahun sejak kembalinya Kapal Perang Luar Angkasa Yamato yang legendaris, Bumi telah mulai membangun kembali dirinya sendiri dan telah berdamai dengan Gamilan. Namun, pemulihan ini mengorbankan pemanfaatan teknologi Wave Motion yang terlarang. Sementara itu, mantan awak Yamato yang terkenal kejam, yang masing-masing telah menempuh jalannya sendiri, menerima pesan psikis dari Dewi Teresa yang misterius. Ia mendesak mereka untuk kembali ke kapal kesayangan mereka dan melakukan perjalanan ke planet Terezart yang jauh. Mereka dijanjikan kekuatan revolusioner untuk memerangi ancaman yang belum pernah terjadi sebelumnya dari Kekaisaran Gatlantis yang tak kenal ampun, yang mendekati Bumi dengan segala niat yang tidak bersalah. Karena tidak dapat menolak permohonannya, awak kapal berkumpul kembali dan berlayar dalam pelayaran antargalaksi berbahaya lainnya, yang akan menguji keberanian dan keserbagunaan mereka dalam menghadapi musuh yang lebih besar.