Di kota bawah tanah Lux yang gelap, orang-orang hidup dalam ketakutan dan keputusasaan di bawah kekuasaan berbagai faksi kriminal. Hampir terisolasi dari permukaan, satu-satunya interaksi geng-geng tersebut dengan dunia luar adalah operasi penambangan "rafia," yang merupakan alasan keberadaan kota tersebut.
Hanya tersedia di Lux, zat langka ini adalah dasar dari transplantasi "texhnolyze" yang memungkinkan manusia untuk mengganti bagian tubuh mereka dengan prostesis sibernetik. Prostesis ini memiliki kekhususan untuk tidak memicu respons imun pada inangnya dan "Kelas" memiliki hak istimewa untuk melakukan penelitian tentangnya. Organisasi yang sulit dipahami ini, yang juga bertanggung jawab atas produksi rafia, mendelegasikan wewenang eksekutifnya kepada sebuah kelompok bernama Organo yang dipimpin oleh Keigo Oonishi—seorang pria yang merasa benar sendiri dengan kaki hasil texhnolyze yang dikabarkan dapat mendengar "suara kota."
Keseimbangan kekuasaan yang rapuh di Lux terganggu ketika seorang pengunjung misterius bernama Kazuho Yoshii mulai melakukan serangkaian kejahatan yang membuat geng-geng tersebut saling bermusuhan. Di tengah kekacauan, aktor-aktor baru muncul: Ichise, mantan petinju yang dimutilasi oleh Organo dan baru-baru ini di-texhnolyzed oleh Eriko "Doc" Kamata; dan Ran, seorang penjual bunga muda yang dapat melihat masa depan. Sementara Lux perlahan-lahan terjerumus ke dalam kegilaan, baik Ichise maupun Ran mendapati diri mereka terlibat dalam krisis terbesar yang pernah dihadapi kota itu.