Enam bulan setelah Kirito, Eugeo, dan Alice berhasil menjatuhkan Administrator, kedamaian sementara menyelimuti Underworld. Alice kembali ke Desa Rulid, merawat Kirito yang kehilangan lengan, jiwanya, dan seseorang yang sangat berarti baginya. Saat Alice mencurahkan diri untuk menjaganya, semangat bertarung yang dulu ia miliki sebagai Integrity Knight pun perlahan memudar.
Namun waktu menuju uji tekanan terakhir yang akan menyeret seluruh Underworld ke dalam tragedi terus mendekat. Di wilayah tergelap Dark Territory, Dark God Vecta bangkit dan memimpin pasukan kegelapan untuk menginvasi Human Empire demi merebut Priestess of Light. Di sisi lain, Bercouli dan para Integrity Knight bersiap menghadapi perang berskala tak terbayangkan, sementara Alice dan para penyelamat yang dulu menjadi harapan justru tak terlihat saat dunia kembali berada di ambang kehancuran.