Setahun setelah tinggal di Amerika, Kurisu Makise kembali ke Akihabara dan akhirnya bertemu lagi dengan Rintarou Okabe. Namun kebersamaan yang dinanti itu segera terusik ketika Okabe mulai dihantui kilasan berulang dari garis waktu lain, seolah dampak perjalanan waktunya perlahan mengejar. Hingga suatu saat, Okabe tiba-tiba menghilang dari dunia, dan hanya Kurisu yang masih mengingat bahwa ia pernah ada.
Terpuruk namun tak punya pilihan selain bergerak maju, Kurisu dihadapkan pada keputusan paling berat dalam hidupnya. Sebagai ilmuwan, ia tahu risiko mengusik waktu dan konsekuensinya bagi garis dunia. Sebagai sahabat, ia tak sanggup membiarkan orang yang paling berarti baginya lenyap begitu saja. Apa pun pilihannya, langkah Kurisu akan mengguncang masa lalu, masa kini, dan masa depan.