Penampakan makhluk misterius yang dikenal sebagai "Hantu Hologram" telah menjadi topik populer di media sosial selama beberapa tahun terakhir. Menurut rumor, beberapa orang telah menjadi korban hantu-hantu ini. Mereka yang beruntung selamat dari pertemuan dengan makhluk paranormal tersebut mengklaim bahwa mereka menyerupai hologram yang rusak.
Siswa SMP Akademi Hazakura, Hiro Amanokawa, percaya bahwa penampakan ini hanyalah legenda urban. Namun, seiring meningkatnya frekuensi kejadian, ia teringat hari ketika ayahnya tiba-tiba menghilang, dengan jam tangan digital aneh sebagai satu-satunya peninggalan dari kepergiannya. Sama seperti penampakan lainnya, apa yang terjadi pada ayah Hiro tidak dapat dijelaskan oleh logika konvensional.
Suatu hari, ketika seorang siswa di akademi diserang oleh Hantu Hologram, Hiro dan temannya Kiyoshirou Higashimitarai memutuskan untuk menyelidiki masalah tersebut. Hiro tidak menyadari bahwa penyelidikan ini akan menjadi langkah pertama mereka menuju penemuan dunia berbahaya yang sebelumnya tidak dikenal oleh umat manusia.