Di masa depan dekat setelah perang besar terakhir, sebagian besar umat manusia hidup di negara kota yang tertata rapi. Bagi kaum elite, hidup seharusnya sempurna. Namun bagi Shion, semuanya berubah menjadi mimpi buruk sejak ia menolong seorang anak lelaki asing bernama Rat dan membiarkannya bermalam di apartemennya.
Akibat bantuan itu, Shion dibuang ke pinggiran kota dan kehilangan seluruh hak istimewanya, sementara Rat menghilang tanpa jejak. Saat Shion mulai menyelidiki rangkaian kematian misterius, ia justru ditangkap sebagai tersangka pembunuhan dan dikirim ke Institut Koreksi. Tepat ketika harapan nyaris padam, Rat muncul kembali untuk menyelamatkannya. Kini, dalam pelarian, mereka hanya punya satu jalan untuk bertahan hidup: menguak rahasia gelap yang tersembunyi di jantung No. 6.